Les unités de recherches sont des équipes d'accueil attachées aux Universités pour l'accueil des nouveaux chercheurs et doctorants.

Université de Lyon, UMR 5133
Constitué au 1/1/2003, Archéorient fédère aujourd'hui l'essentiel des enseignants-chercheurs, chercheurs et personnels ingénieurs, techniciens et administratifs CNRS travaillant à la MOM sur le Proche et le Moyen-Orient ancien en préhistoire, archéologie, histoire, philologie, géographie, sciences de la nature et sciences de la vie, depuis le néolithique jusqu'à la fin de l'âge du fer.
L'objectif vise ici à une démarche originale, favorisant le croisement de plusieurs disciplines au sein d'un vaste domaine qui fut tour à tour le berceau de la sédentarisation, celui de l'invention de l'agriculture et de l'élevage, et qui vit enfin se développer quelques-unes des premières grandes civilisations humaines.
Les nombreuses missions archéologiques du Ministère des affaires étrangères dirigées par des chercheurs d'Archéorient, les autres programmes scientifiques autonomes auxquels notre laboratoire apporte sa collaboration (opérations de terrain en co-responsabilité, expertises spécialisées), mais aussi les recherches des historiens et des philologues de l'UMR, constituent une source de données très complémentaires, sur un espace s'étendant actuellement de la Crète au Turkménistan, et du Caucase au Yémen.

Université de Bordeaux, UMR 5815
L'équipe de recherche ADES (Aménagement, Développement, Santé et Sociétés), Unité mixte de recherche 5185, a vu officiellement le jour le 1er janvier 2003. Dans les faits, elle ne fonctionne réellement que depuis le 1er octobre 2003. Elle regroupe, dans le cadre d'une association avec le CNRS, trois entités (ex-UMR) : DYMSET et TEMPOS rattachées à l'Université de Bordeaux 3, ainsi que SSD (Société, Santé, Développement) appartenant à l'Université de Bordeaux 2.
ADES rassemble une bonne partie des spécialistes bordelais des sciences humaines et sociales de l'espace géographique. On compte dans ses rangs des géographes et des aménageurs, des urbanistes et des architectes, des anthropologues et des médecins, des économistes, des spécialistes du développement et de l'environnement...
Le Centre de Documentation REGARDS est la composante documentaire de l'UMR ADES. Créé en 1968, le centre comprend une Bibliothèque de recherche, une Cartothèque-Photothèque et un système de Bases de données. Le fonds documentaire couvre les domaines suivants : géographie, aménagement, développement, environnement, santé, sociétés. REGARDS assure aussi le développement technologique des bases de données et sites web du GIS RAFID-Formation et Information pour le Développement, du GIS Institut des Amériques (en particulier la production de la Lettre d'informations scientifiques Transaméricaines), du Réseau Amérique Latine et du Réseau européen REDIAL.

Université de Bourgogne, UMR 5594
L’unité mixte de recherche 5594 ARTeHIS - Archéologie, Terre, Histoire, Sociétés - constitue un réseau de recherche en archéologie, histoire, patrimoine, histoire de l’art et sciences de l’environnement, un pôle de formation interrégional et un organe de diffusion de la culture scientifique.
L’UMR ARTeHIS 5594 relève des Sciences de l’Homme (80%) et des Sciences de l’Environnement (20%). Ses tutelles sont le CNRS, l’ université de Bourgogne et le Ministère de la Culture.
L’UMR est placée sous la direction de Daniel Russo, assisté de deux directeurs-adjoints, Luc Baray et Jean-Pierre Garcia.

Université de Lyon, UMR 5138
L'UMR 5138 « Archéométrie et Archéologie » rassemble des préhistoriens, des archéologues des époques gallo-romaine et médiévale, des géologues sédimentologues ou pétrographes, des physiciens et des chimistes spécialistes de l'analyse de matériaux et de la datation par le Carbone 14. Les travaux de l’UMR s'appuient sur les équipements analytiques du laboratoire de Céramologie et du Centre de datation par le RadioCarbone et sur les compétences de ses équipes archéologiques. Les bases de données d’analyse des céramiques et de datation par le radiocarbone régulièrement abondées depuis vingt ans constituent un outil scientifique de premier ordre et reconnu sur le plan international.
Les activités des différentes composantes sont complémentaires et se rejoignent dans trois grands thèmes de recherche autour desquels se sont constituées des équipes :
1 / " Propriétés et exploitation des matières premières - Histoire des techniques" (Responsables E. Debard et A. Schmitt),
2 / " Production, diffusion, commercialisation" (Responsable S.Y. Waksman),
3 / "Archéologie en Rhône-Alpes" (Responsables N. Reveyron, A. Desbat).
L'UMR a accueilli également trois Actions Collectives de Recherche (cofinancées par le CNRS, le ministère de la recherche et l'INRAP) : l'une porte sur "l'espace ecclésial au Moyen Age" (Responsable A.Baud), une autre sur "les céramiques commune gallo-romaines en Rhône-Alpes" (Responsable C. Batigne Vallet) et une troisième sur « Les grands sites de terrasse chasséens dans le contexte rhôdanien. » (Responsable A. Beeching).

Université de Brest, EA 3149
Quatre axes de recherche sont privilégiés par ce laboratoire :
identité et territoire,
les mutations du travail,
travail du social et de la santé,
évolution des socialisations.